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至本医疗:靠独创的生物信息分析算法和大数据平台称雄基因检测领
发表日期:2019-05-06 23:10| 来源 :本站原创 | 点击数:
本文摘要:苹果公司创始人史蒂夫乔布斯是世界上最早测验考试基因检测医治癌症的人。2004年,当他发觉本人被确诊患有胰腺癌后,曾破费10万美元,请哈佛大学几个传授协助本人进行了基因检测,延续了8年的寿命,缔造了癌症医治的奇观。 2010年,在风险本钱的协助下,昔时

  苹果公司创始人史蒂夫乔布斯是世界上最早测验考试基因检测医治癌症的人。2004年,当他发觉本人被确诊患有胰腺癌后,曾破费10万美元,请哈佛大学几个传授协助本人进行了基因检测,延续了8年的寿命,缔造了癌症医治的奇观。

  2010年,在风险本钱的协助下,昔时协助乔布斯进行基因检测的那几位哈佛大学传授开办了基因检测创业公司Foundation Medicine(以下简称:FMI),比尔盖茨、Google Venture都是它的股东。2013年,FMI成功在美国纳斯达克上市。FMI从开办之初到此刻,不断在引领全球精准医疗的革命,间接影响了全球10几万患者的医治,以及数十个立异药物的研发。

  基因检测手艺成长到今天,不只在医治上有严重意义,在疾病防止上同样至关主要。2013年5月,奥斯卡影后安吉丽娜朱莉发觉本人有患乳腺癌的风险,她通过基因检测和响应的手术将患病风险从87%降到了5%。

  美国是基因检测手艺最发财,商用化程度最高,以及政策最开放的国度,Illumina、FMI、LifeTechnologies和23andMe等公司是全球基因检测范畴的领头羊。中国是在基因检测手艺范畴追逐美国的国度之一,一多量新创公司在近几年成立。至本医疗(上海)科技无限公司(以下简称:至本医疗)是目前中国领先的头部基因检测手艺公司,它的创始人王凯在FMI成立之初就插手进去,后来成为其次要手艺担任人之一,同时,他也是FMI担任企业文化制定的7人委员会成员。能够说,至本医疗是国内最具有FMI气质的基因检测公司。

  图:至本医疗创始人王凯

  2015年,跟着中国十三五规划中写入“精准医疗”等内容,基因检测在中国成长的政策大门被打开,王凯看到了机遇,在家人的支撑下,放弃了在美国的优渥工作和糊口,前往中国创业,成立了至本医疗。他但愿通过本人在海外多年进修、工作控制到的先辈基因检测手艺,为中国的精准医疗事业贡献本人的力量。

  不断站去世界基因检测最前沿

  从2001年至今,十七年的时间,王凯见证了基因检测手艺从一代到二代的手艺逾越,也见证了基因检测手艺从尝试室走向商用的全过程。

  2001年,从白求恩医科大学临床专业结业后,在中国科学院院士、中国科学院生物物理研究所研究员陈润生的引领下,王凯进入基因检测范畴,插手了华大基因公司,接触到Sanger一代测序仪和生物消息学。

  华大基由于王凯打开了基因检测世界的大门。在华大基因工作期间,他参与了“人类基因组打算”的收尾工作,还加入了中国水稻和家猪基因组打算,并颁发了人生的第一篇学术文章。

  2003年,王凯从华大基因告退,到其时世界生物消息学最权势巨子的大学丹麦科技大学生物序列阐发核心(CBS)攻读生物消息学研究生。他的导师Sren Brunak传授是生物消息学的晚期奠定人之一,曾任出名的Ensemble数据库主席,ISMB主席,以及欧洲生物消息学核心主席等。

  在CBS读书期间,他参与了DNA元件百科全书打算(Encyclopedia of DNA Elements,简称:ENCODE打算)。ENCODE打算是美国国度人类基因组研究地点2003年9月倡议的项目,它也是继“人类基因组打算”后,全球最主要的基因检测项目,它在人类基因测序根本上,对序列的基因布局和功能识别进行研究。

  到2007年,基因二代测序(Next Generation Sequencing,以下简称:NGS)手艺逐步成熟,王凯无机会接触到最先辈的基因测序手艺。2008年,王凯获得赞助进入美国加州洛杉矶分校(UCLA)生物消息学系主任克里斯托弗李(Christopher Lee)传授的尝试室专注做癌症NGS项目,完成博士课题。

  2010年,博士结业后,王凯进入哈佛大学和Dana Farber癌症研究所,起头博士后进修阶段。他插手了生物消息学的传奇人物DCHIP的牛人李程传授的尝试室,继续处置癌症和NGS的相关临床研究。

  李程传授不断努力于研究高通量基因组学数据处置算法、软件开辟和在癌症基因组学研究中的使用。其地点尝试室开辟的dChip、ComBat系列数据阐发算法和软件被普遍使用于基因表达和SNP生物芯片的数据阐发和可视化,文章被援用3000余次。2013年,李程传授全职插手北京大学生命科学学院后,成立了干湿连系的癌症基因组学尝试室,为中国培育融合生物、消息、数学、工程等交叉学科布景的人才。

  2011年秋天,王凯在竣事了哈佛大学的博士后研究工作后,插手到FMI,在生信组担任优化基因拷贝数阐发流程和扶植数据可视化。

  FMI是基因检测范畴的明星公司。它成立于2010年4月,由生物医疗手艺范畴专业投资机构三石风险投资公司(ThirdRockVentures,以下简称:三石风投)开办。三石风投由美国生物手艺公司千禧制药(MillenniumPharmaceuticals)创始人Mark Levin、千禧制药公司COO Kevin Starr和千禧药业研发总监Bob Tepper配合倡议成立的一家风险投资机构。目前,三石风投是全球医疗生物科技范畴最专业的投资机构。

  在FMI成立后的首轮融资中,微软创始人比尔盖茨、Google Ventures、俄罗斯亿万财主尤里米纳尔和美国诊断界的传奇人物埃文琼斯先后成为其投资人。

  2012年,王凯插手FMI工作后,他亲目睹证了NGS测序成果挽救了一个弥留病人生命的案例,让他长生难忘。其时,一位不到40岁的骨肉瘤患者已有肺转移在ICU大部门时间昏倒,无法吞咽,曾经下了病危通知。在家眷对峙下拿到了NGS测序成果,提醒针对某个基因的扩增的用药,但因为没有任何先例经验大夫起头是否决如许的医治。后来病人测验考试用药后48小时出了ICU,两周后出院。基因检测手艺能指点临床医治,而且成功挽救生命,这件事让王凯体味到了史无前例的成绩感。

  2013年,FMI成功在纳斯达克上市,从成立到IPO只用了三年时间。2015年,瑞士制药商罗氏控股以10.4亿美元收购FMI,2018年6月,罗氏控股又以24亿美元收购FMI残剩股票,FMI的估值达到54亿美元。

  先辈的生物消息阐发算法和大数据平台

  2015年,王凯回国成立了至本医疗,2016年9月,成功获得IDG、松禾本钱和火山石本钱的6000万人民币的天使轮融资。后来又在A、B轮融资中获得了多家出名投资机构的承认和青睐。

  至本医疗次要将针对癌症的全面、精确的分子消息检测用于临床医治指点,这是王凯和他团队擅长的范畴。在整个基因检测财产链上,上游为测序仪及试剂耗材,中游为基于测序办事和生物消息阐发的各项办事,下流为终端市场。此中,上游次要被美国公司占领,中游是中国基因检测公司最活跃的市场。

  至本医疗最大的立异在于生物消息阐发算法,这也是其焦点的行业合作力。其独立研发了OriFusion、OriCNV、OriIndel、OriSNV、OriTMB、OriMSI和OriLongIndel等生物消息阐发算法,获得了一系列专利授权,包管了基因样本阐发愈加严酷、精准和全面。

  同时,至本医疗曾经成立了针对中国人群的全面精准的基因数据库和临床数据库。2018年9月21日,在中国肿瘤大会CSCO上,至本医疗与北京希思科(CSCO)临床肿瘤学研究基金会、东方肿瘤临床研究核心配合启动了中国特色癌种基因消息学大数据平台,预示了中国基因测序行业正式进入了临床数据与基因数据整合的大数据时代。

  目前,CSCO有近2万名肿瘤大夫注册,堆集了复杂的临床大数据。至本医疗科技作为次要参与者之一,操纵生物消息学阐发的奇特劣势,将主导大数据平台中的基因检测和阐发版块。

  中国特色癌种基因消息学大数据平台启动后,至本医疗将为第一阶段入驻的近40家病院的2000多名分歧瘤种患者供给WES全外显子测序及部门元溯450+个癌症焦点基因的深度测序,并供给针对性的临床医治方案。

  元溯450是至本医疗的主打产物,能够笼盖450+个癌症焦点基因的检测,WES全外显子测序则是至本医疗的深度测序产物办事。

  跟着基因检测的大panel检测成为支流趋向,将来算法和大数据在基因检测中的主要性会越来越大。目前的基因检测只用2天就能够呈现10个G摆布的检测数量,将来的数据流会愈加复杂。

  除了算法和大数据平台,至本医疗还有良多“黑科技”,好比基因检测中的“大片段的插入缺失”手艺,冲破了二代测序在测序方面的瓶颈,成为国内独一实现这项冲破的企业。

  此外,至本医疗还建立了6大自主学问产权平台的基因检测核心;具有学问库扶植、演讲主动化及流程一体化等10项软件著作权专利的消息处置超算核心。

  至本医疗在手艺上的先辈性吸引了国度顶级专家的插手。2017年8月,至本医疗科技颁布发表全球癌症基因组学专家Matthew Meyerson传授正式插手至本医疗科技担任科学参谋委员会主席。Matthew Meyerson传授是享誉全球的肿瘤基因组学专家。同时,他也是FMI的创始人之一,现任全球最出名的基因组研究核心Broad Institute(哈佛大学和MIT合办)主任,手下办理着十余位诺贝尔奖获得者。2014年,Matthew Meyerson传授被汤森路透社评为“全球最有影响力的科学家”之一。

  2017年11月7日,至本医疗获“国度高新手艺企业”称号,它是一家名副其实的高科技公司,具备成为基因检测范畴独角兽的潜力。

  国际基因检测范畴的顶级企业也起头与至本医疗进行合作。2018年7月11日,至本医疗与美国基因测序仪器供应商Illumina公司告竣合作和谈, Illumina将供给二代测序仪器和相关试剂,至本医疗科技将专注于肿瘤分子检测范畴的临床使用转化,并供给自主研发的生物消息算法专利手艺和强大的数据阐发能力。Illumina公司曾被《麻省理工科技评论》评为“2014年度全球立异企业50强”公司。

  在终端使用上,2017年5月,至本医疗开辟了“土拨鼠博士”APP,用户能够实现电子演讲在线查看、精准数据一键查询、患者办理&随访管家、医医在线互订交流等功能,这也属于业内初创。

  在合作的病院方面,至本医疗曾经和国内跨越三百家病院告竣合作,临床案例累积上万例摆布。

  通过对至本医疗创业以来过程的回首,能够说,至本医疗是国内最具有FMI气质的基因检测公司。王凯不单见证了FMI从30几小我起步成长强大的全过程,也深度参与了FMI的组织办理工作,深受FMI文化影响。他认为,FMI对团队合作和小我尊重等文化很是垂青,“公司成长到了100人的时候,FMI打算从头修订内部文化,我很侥幸插手到了企业文化制定的7人委员会,我们按期开会会商,最终构成了传承至今的企业文化主意”,FMI并没有在快速扩张中得到了企业价值观、凝结力和立异动力,因而可以或许吸引到一多量有配合抱负和任务的牛人,这是它成为行业先行者和领头羊的主要要素之一。

  王凯在FMI文化的根本上思虑怎样连系中国的现实环境找到至本医疗的文化基因。他认为,虽然中美国内情况分歧,可是有一点是共通的,那就是“建立一个公司真正的意义并不只仅是成立有盈利能力的贸易模式罢了,更头要是通过这几年实其实在的勤奋带来了对癌症医疗范畴的改革性的影响”。

  由此可见,至本医疗是一家由任务驱动的高科技公司,它将扛起中国基因检测行业的抱负主义大旗。

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